Biohub, ein biomedizinisches Forschungsinstitut, das von der Familie Zuckerberg gegründet wurde, hat den ESM Atlas vorgestellt, eine bahnbrechende Datenbank für Proteinstrukturen mit 1,1 Milliarden vorhergesagten Proteinstrukturen. Diese Veröffentlichung übertrifft die AlphaFold-Datenbank, die über 200 Millionen Strukturen enthält, deutlich. Dem von Biohub entwickelten KI-Modell ESMFold2 wird die Erstellung dieser Vorhersagen zugeschrieben, und es wird behauptet, dass es AlphaFold3 in verschiedenen Metriken übertrifft. Bemerkenswert ist, dass ESMFold2 vollständig Open Source ist und uneingeschränkte kommerzielle Nutzung erlaubt, was die Landschaft der KI-Forschung im Bereich Proteine neu gestalten könnte.
Das Modell ESMFold2 verwendet einen neuartigen Ansatz, indem es Proteinsequenzen als Sprache behandelt, ähnlich den Techniken der Verarbeitung natürlicher Sprache. Diese Methode ermöglicht die Vorhersage von 3D-Strukturen direkt aus Sequenzen und integriert eine Vielzahl mikrobieller Proteindaten, die in der AlphaFold-Datenbank fehlen. Die Open-Source-Natur von ESMFold2 wird erwartet, die globale wissenschaftliche Gemeinschaft zu mobilisieren und schnelle Iterationen und Anwendungen zu erleichtern. Während die akademische Gemeinschaft positiv reagiert hat, mahnen einige Experten zur Vorsicht und weisen auf die Notwendigkeit unabhängiger Validierung der Vorhersageergebnisse hin.
Biohub präsentiert ESM-Atlas mit 1,1 Milliarden Proteinstrukturen und übertrifft AlphaFold
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